La ABJ fue creada el 9 de junio de 1983 por un grupo de bacteriólogos egresados de la Pontificia Universidad Javeriana, con el propósito de conformar una agremiación que velara por los intereses de los egresados. Más adelante, el 6 de noviembre de 1999, se hizo necesario la conformación del Colegio Nacional de Bacteriología, en el que la ABJ participó como miembro fundador.

Durante todos estos años de trabajo gremial la ABJ se ha destacado por su liderazgo entre los bacteriólogos y por ello es la única asociación que cuenta con un medio de difusión específico para la bacteriología, como lo es la Revista Laboratorio Actual, editada desde 1984.

Sus objetivos son servir al gremio, en especial a los egresados javerianos, procurando el crecimiento personal y profesional de sus asociados y el bienestar de la comunidad profesional. Promueve la formación integral de las personas, los valores humanos y éticos, la transmisión de la ciencia aportando al desarrollo y construcción de la sociedad.

conocimientos y destrezas que les permiten generar las evidencias científicas esenciales para la toma de decisiones en el campo clínico humano. Contempla de manera transversal las áreas de salud pública, gestión de la calidad y administración en salud. Con la investigación formativa como estrategia pedagógica, busca desarrollar un pensamiento científico que les permita a los estudiantes participar en la resolución de problemas propios de su disciplina y en los diferentes campos de desempeño.